विंडहोक की एक मुख्य विशेषता यह भी है कि ये औद्योगिक और अन्य जहरीले अपशिष्ट जल को घरेलू अपशिष्ट जलधारा से अलग रखता है। घरेलू अपशिष्ट जल एक अलग नाले में पूर्वशोधन के बाद निरंतर गुणवत्ता के साथ प्राप्त किया जाता है। इस पूर्व शोधित अपशिष्ट को दोबारा दस चरण वाले शोधन प्लांट से गुजरना पड़ता है। यह शोधन प्रक्रिया हमारे देश में इस्तेमाल की जाने वाली पारंपरिक प्रौद्योगिकियों के समान ही है। जैसे - जमावट, फलोकुलेशन (रासायनिक अभिक्रिया), ग्रैविटी फिल्टरेशन ( ठोस कणों को छानना), सक्रिय कार्बन कणों को छानना, अल्ट्राफिल्ट्रेशन, ओजोनीकरण, कीटाणुशोधन आदि।